曾经，一个高度发达的先进种族Ancient以地球为基地，几百万年前，也许是这杯六七瓶酒混兑的酒太香了，也或许是董颖还没有喝够，反正，在陈源刚刚调好这杯酒，端起酒杯还在晃动着杯里的酒液的时候，她忽然睁开了眼，醉眼还迷蒙着，却一把从陈源手里夺过酒杯，往嘴边一凑，一仰脖子全部倒进了她嘴里。不知什么原因，他们离开地球去了某地，在南极只留下一个前哨站。在Jack ONeill将军用前哨站的一种Ancient武器消灭前来攻击地区的Goauld人的舰队之後，各国合作建立了南极联盟，为研究前哨站里的Ancient科技、促进国际合作与和平而共同努力。在研究过程中，他们发现了Ancient离开地球后所去的地方——飞马座星系。于是，为了发掘被埋没的历史、探索未知的世界，各国组建了亚特兰蒂斯探险团队，通过星际之门到达了几百万年前从地球飞走的亚特兰蒂斯城。 但不幸的是，地球人的到来惊醒了一群统治飞马座星系的怪物——Wraith，他们技术先进、体格健壮，姓清粗野残曝，不讲信义，而且以人类为牲畜，吸人生命。一万年前他们打败了Ancient并迫使其逃回地球，而探险队也发现了一个惊人的事实：Wraith是Ancient试验的产物！为了对抗强大的Wraith，亚特兰蒂斯的小分队不得不探索飞马座星系诸星球，与飞马的原住民联系，试图找到抵御Wraith的方法，经历了一次次险象环生的旅程。
